质谱技术具有较好的灵敏度、准确度，能准确测定蛋白质。蛋白质质谱鉴定的基本原理是用蛋白酶(如trypsin, Glu-C等)将蛋白质消化成肽段混合物，通过质谱仪将具有特定质核比的肽段离子分离开来。经MAILDI软电离手段将其离子化，过质量分析器可得到每个肽段的m/z。蛋白质所有肽段的m/z图谱即蛋白质的一级质谱峰图。根据参数设置选取信号强度较大的一些肽段离子进行碎裂,得到更小的氨基酸序列片段，即为选取肽段的二级质谱峰图。
       通过实际谱图和理论上蛋白质经过蛋白酶消化后产生的一级质谱峰图和二级质谱峰图进行的比对，进行蛋白鉴定。

        传统的质谱仅用于小分子挥发物质的分析，但随着新的离子化技术的出现，如基质辅助激光解析电离飞行时间质谱（MALDI-TOF）和电喷雾电离质谱（ESI-MS）等，各种质谱技术的出现为蛋白质分析提供了一种新的且准确快速的途径。目前，酶解、液相色谱分离、串联质谱及计算机算法的联合应用已成为鉴定蛋白质的发展趋势。
 
基质辅助激光解吸附质谱（MALDI-TOF）
        基质辅助激光解吸附质谱技术（Matrix-Assisted Laser Desorption/ Ionization Time Of Flight ）的基本原理是将分析物分散在基质分子中并形成晶体，当用激光照射晶体时，由于基质分子经辐射所吸收的能量，导致能量蓄积并迅速产热，从而使基质晶体升华，致使基质和分析物膨胀并进入气相。MALDI所产生的质谱图多为单电荷离子，因而质谱图中的离子与多肽和蛋白质的质量有一一对应关系。MALDI产生的离子常用飞行时间（TOF）检测器来检测，理论上讲，只要飞行管的长度足够，TOF检测器可检测分子的质量数是没有上限的，因此MALDI-TOF质谱很适合对蛋白质、多肽等生物大分子的研究。

技术流程



技术特点

1. MALDI TOF 鉴定方便、快速，可以同时做上百个斑点。
2. 主要用于纯蛋白或简单样本的鉴定，如2DE斑点。
3. 成本较低。

样品要求

1. 蛋白质溶液：纯度> 90%；蛋白质总量> 5 ug，浓度> 0.1 ug/ul。
2. 双向凝胶电泳点：考染、银染点清晰可见。
3. SDS-PAGE胶条：单一蛋白质，考染、银染条带清晰可见 。